A ideia de criação da SBGEA iniciou-se em 2006, a mais de 15 anos atras, quando um grupo de pesquisadores do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais se organizaram para promover o I Simpósio Brasileiro de Geofísica Espacial e Aeronomia, que realizou-se na sede do INPE em São José dos Campos – SP, onde ficou definido que esse encontro seria realizado a cada dois anos, em diferentes locais no Brasil.
A segunda edição do simpósio foi realizada em Campina Grande – PB de 08 a 11 de setembro de 2008, foi feita uma reunião com os profissionais da área para debater o futuro das pesquisas em Geofísica Espacial e Aeronomia e, na oportunidade, foi colocado em pauta a necessidade de criação da sociedade para que os sócios pudessem ter voz na organização das políticas científicas para o futuro.
Durante a terceira edição do SBGEA, que foi realizada em Armação dos Búzios – RJ de 01 a 03 de setembro de 2010, um grupo de trabalho foi montado para elaborar o estatuto que seria apreciado na edição seguinte do evento, que aconteceu em São Paulo – SP no período de 10 a 14 de setembro de 2012, onde a assembleia com os participantes do eventos aprovaram por unanimidade o texto base do estatuto da Associação Brasileira de Geofísica Espacial e Aeronomia e dava-se oficialmente início a SBGEA como associação civil.
No decorrer da primeira gestão da diretoria da SBGEA foi feita uma força tarefa para registro do estatuto e criação do CNPJ da associação, e durante a quinta edição do SBGEA, que foi realizada em Natal-RN, no período de 29 de setembro a 03 de outubro de 2014, a associação já estava oficialmente funcionando. Naquela edição do evento, a assembleia geral reconduziu a diretoria, por mais um mandato para finalizar o processo de estruturação da SBGEA.
O simpósio completou dez anos de aniversário durante a sexta edição em Jataí-GO, que e ocorreu no período de 26 a 30 de setembro de 2016, já estando consolidada.
A sétima edição da SBGEA foi realizada em Santa Maria – RS entre 05 e 09 de novembro de 2018, cujo objetivo foi reunir os sócios para apresentarem seus resultados científicos em estudos observacionais, teóricos e de modelagem dos fenômenos espaciais, com origem no Sol e no Meio Interplanetário, que afetam a Magnetosfera e a Ionosfera da Terra.
A oitava edição da SBGEA estava marcada para ocorrer entre 25 e 29 de maio de 2020 na UNIVAP em São José dos Campos – SP, mas foi transferida para 22 a 26 de março de 2021, sendo realizada de forma virtual, mostrando que o Comitê Científico Local do evento, juntamente com a diretoria da SBGEA não medem esforços para a realização do encontro, mesmo de forma remota, para que as novidades científicas e possíveis novas colaborações sejam feitas.
A nona edição do evento foi histórica, organizada pelo Instituto Federal de Tocantins, e ocorreu entre 19 e 23 de junho de 2023 na cidade de Araguatins – TO, sendo a primeira vez da SBGEA na Região Norte do Brasil, e com esse evento, todas as regiões do Brasil já sediaram, pelo menos uma edição do Simpósio da SBGEA, corroborando com a ideia inicial daqueles pesquisadores que se reuniram em 2006, cuja ideia é estimular e disseminar os estudos em Geofísica Espacial e Aeronomia pelo Brasil a fora.
A décima edição do Simpósio da SBGEA irá ocorrem entre 11 e 15 de agosto de 2025. Será organizada por uma Comissão Organizadora Nacional e será sediada na Universidade Tecnológica Federal do Paraná – UTFPR, na Cidade de Curitiba – PR.